คาถา หรือเทคนิคความสามารถพิเศษ คือศาสตร์ที่นินจาใช้ในการออกรบสู้ศึก เพื่อที่จะใช้คาถาออกมา นินจาจะต้องใช้จักระของตนเอง จักระมีแหล่งกำเนิด 2 แหล่งคือ 1.พลังกายซึ่งมาจากเซลล์ต่างๆในร่างกาย และ 2.พลังจิตซึ่งมาจากการฝึกฝนและประสบการณ์
การจะแสดงคาถาออกมานั้น นินจาจะต้องรีดเร้นและปลดปล่อยพลังงานทั้ง 2 อย่าง โดยผ่านการใช้สัญลักษณ์มือ นินจาจึงจะสามารถใช้คาถาต่างๆได้ตามต้องการ เพราะมีสัญลักณ์มือจำนวนมาก และรูปแบบผสมที่แตกแขนงออกมา จึงสามารถค้นพบคาถาได้มากกว่า 1000 คาถา
วิชาพื้นฐานของคาถาที่นินจาใช้ จะแตกต่างกันตามคุณสมบัติของจักระในแต่ละคน คุณสมบัติของธาตุมี 5ธาตุหลัก และธาตุเหล่านี้ยังเป็นที่มาของชื่อแคว้นนินจามหาอำนาจ : ไฟ (火 ) ลม(風) สายฟ้า(雷) ดิน(土) และ น้ำ(水) โดยที่นินจาแต่ละคนสามารถใช้ธาตุได้เพียง 1ธาตุหรืออาจมากกว่า 1 ธาตุ โดยทั่วไปนินจาระดับโจนินขึ้นไปจะสามารถใช้ได้ 2 ธาตุหรือมากกว่า จะสามารถตรวจคุณสมบัติของธาตุได้จากกระดาษซึ่งมีปฏิกิริยาต่อจักระได้ง่าย
กระดาษนั้นทำมาจากต้นไม้พิเศษซึ่งปลูกขึ้นมาโดยให้ดูดซับจักระเข้าไป เมื่อนินจาปล่อยจักระเข้าไปในกระดาษ กระดาษก็จะมีการเปลี่ยนแปลงตามธาตุนั้นๆ ถ้าคุณสมบัติเป็น "ไฟ" กระดาษจะไหม้ ถ้าคุณสมบัติเป็น "ลม" กระดาษจะขาด ถ้าคุณสมบัติเป็น "น้ำ" กระดาษจะเปียก ถ้าคุณสมบัติเป็น "ดิน" กระดาษจะยุ่ย และ ถ้าคุณสมบัติเป็น "สายฟ้า" กระดาษจะยับ
เช่นตัวอย่าง คาคาชิเป็นนินจาธาตุสายฟ้า ขณะที่ ซาสึเกะ เป็นนินจาธาตุ สายฟ้า และไฟ ซึ่งเป็นธาตุหลักของตระกูลอุจิวะ
ธาตุทั้ง 5 มีความสัมพันธ์เป็นแผนผังวัฏจักรบอกถึงความ 「ได้เปรียบ - เสียเปรียบ」 ไฟได้เปรียบเหนือลม และลมอ่อนด้อยกว่าไฟ ดังนั้นหากคาถาไฟปะทะกับคาถาลม คาถาไฟจะสะท้อนกลับโดยมีอานุภาพมากกว่าเดิม ลมได้เปรียบเหนือสายฟ้า สายฟ้าได้เปรียบเหนือดิน ดินได้เปรียบเหนือน้ำ และจบลงด้วยน้ำได้เปรียบเหนือไฟ
ธาตุพิเศษ เป็นธาตุที่มีคุณสมบัติพิเศษซึ่งเกิดจากขีดจำกัดสายเลือด หรือ การแปลงคุณสมบัติ ธาตุที่เกิดขึ้นใหม่นี้ จะไม่มีความเกี่ยวข้องกับแผนผังวัฏจักรความ 「ได้เปรียบ - เสียเปรียบ」 ของธาตุ
เช่นตัวอย่าง ฮาคุ ซึ่งเป็นนินจาธาตุน้ำแข็ง และมีขีดจำกัดสายเลือด โดยใช้ "แปลงคุณสมบัติ" ของ "ลม" และ "น้ำ" พร้อมกัน เกิดเป็น ธาตุน้ำแข็ง
คาถานินจา - 5 ธาตุหลัก
คาถาไฟ - ธาตุไฟ
คาถาไฟ หรือธาตุไฟ จะโจมตีด้วยรูปแบบของไฟ หรือเปลวเพลิง
เช่น คาถาลูกบอลเพลิง หรือคาถาลูกไฟยักษ์ (ลักษณะแบบพ่นไฟ) ระยะประชิด
โดยปกติของธาตุไฟ คือลักษณะของความก้าวร้าว
คาถาลม - ธาตุลม
คาถาลม หรือธาตุลม จะโจมตีในรูปแบบของลม
เช่น กระแสลมกรรโชก หรือลมพายุ
ดีสำหรับการโจมตีระยะประชิด และระยะกลาง
โดยปกติของธาตุลม คือลักษณะของความไม่พอใจ
คาถาสายฟ้า - ธาตุสายฟ้า
คาถาสายฟ้า หรือธาตุสายฟ้า จะโจมตีในรูปแบบของสายฟ้า
เมื่อใช้กับอาวุธโลหะ พลังจะกระจายไปจนทั่ว (ห่อหุ้มโลหะ)
เหมาะสำหรับระยะกลาง และระยะไกล
คาถาดิน - ธาตุดิน
คาถาดิน หรือธาตุดิน จะโจมตีในรูปแบบของดิน และโคลน
เช่น คาถากำแพงพสุธา คาถาดินฝ่ามือเคลื่อนพสุธา (เคลื่อนพื้นดิน)
รูปแบบดินสามารถเปลี่ยนรูปแบบความแข็งของตัวเองได้ (แข็งแกร่งดุจหินผา - อ่อนนิ่มดุจโคลน)
คาถาน้ำ - ธาตุน้ำ
คาถาน้ำ หรือธาตุน้ำ จะโจมตีด้วยรูปแบบของน้ำ
เช่น คาถากำแพงวารี ซึ่งใช้ป้องกัน คาถากระสุนน้ำ
คาถาน้ำสามารถปรับเปลี่ยนรูปแบบการใช้ได้หลากหลาย